卫生部公布2012年9月份全国法定传染病疫情情况，2012年9月1日零时至9月30日24时，全国（不含台港澳，下同）共报告法定传染病553992例，死亡1656人。

其中，甲类传染病报告发病8例（鼠疫1例，霍乱7例），死亡1人（鼠疫患者）。乙类传染病中除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、甲型H1N1流感和白喉无发病、死亡病例报告外，其余21种传染病共报告发病306819例，死亡1623人；报告发病数居前五位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾、淋病，占乙类传染病报告发病总数的96%。

同期，全国共报告丙类传染病发病247165例，死亡32人。报告发病数居前三位的病种依次为手足口病、其它感染性腹泻病和流行性腮腺炎，占丙类传染病报告发病总数的95%。