潜伏期自1小时至4天不等，多数为10小时左右。

起病急骤，常有腹痛、腹泻、呕吐、失水、畏寒及发热。腹痛多呈陈发性绞痛，常位于上腹部、脐周或回盲部。腹泻每日3～20余次不等，大便性状多样，多数为黄水样或黄糊便。约2%～16%呈典型的血水或洗肉水样便，部分病人的粪便可为脓血样或粘液血样，但很少有里急后重。由于吐泻，患者常有失水现象，重度失水者可伴声哑和肌痉挛，个别病人血压下降、面色苍白或发绀以至意识不清。发热一般不如菌痢严重，但失水则较菌痢多见。近年来国内报道的副溶血弧菌食物中毒，临床表现不一，可呈典型、胃肠炎型、菌痢型、中毒性休克型或少见的慢性肠炎型。

本病病程自1～6日不等，可自限，一般恢复较快。

在副溶血弧菌食物中毒的流行季节，根据进食可疑食物(腌渍品、海产品)、集体发病、潜伏期短而起病急骤、发热和腹痛均较其他肠道传染病为严重、腹泻物呈血水样、失水多见等特点，临床诊断即可成立，对可疑食物进行培养，有时可分离出和粪便中相同的副溶血弧菌。

本病应与葡萄球菌性食物中毒、产肠毒素性大肠杆菌类、沙门氏菌食物中毒、急性菌痢和霍乱等鉴别。