细菌性痢疾的治疗也要分为急性菌痢和慢性菌痢的治疗。

(1)急性菌痢 患者要休息、隔离，吃一些营养丰富、容易消化的食物，不能进食者，可口服十液。不要过度劳累，避免各种诱发因素。要合理进行药物治疗，治疗菌痢的常用药有陕喃陛酮、小劈碱(黄连素)、复方磺胺、甲喂陛(有磺胺药过敏者禁用)、诺氟沙星(氟呢酸)、噼哌酸、庆大霉素、卡那霉素等。

上述药物应在医生的指导下合理使用，症状消失后继续服3—5天，以巩固疗效。

(2)慢性菌痢 要认真寻找病因，对症进行处理。避免过度劳累，不要让腹部受凉，不要吃生的或者是冷的食物。体质虚弱的人应及时尽早使用免疫兴奋药。当出现肠道菌群失衡时，一定不要随便使用抗菌药物，要马上停止耐药抗菌药物的使用，在取得药敏试验的结果后，有针对性地选择用药。急性发作型要按急仕菌痢处理，并适当延长疗程。