孕妇菌痢患者便次频繁，下坠严重，导致腹压增加，刺激子宫收缩。可引起流产。故应加强治疗，尽快控制症状，多卧床休息，避免蹲便时间过长及站立过久。

常用抗痢药物对胎儿或孕妇毒性较大而不能使用，治疗比较困难。在妊娠早期，要避免使用妨碍胚胎发育的药物，如磺胺增效剂（tmp），该药可致胎儿畸形，胎龄越小，对骨髓抑制作用越强，故孕妇禁用。妊娠后期比较容易出现肾损害，慎用庆大霉素及丁胺卡那霉素，不论是妊娠早期或晚期，慎用氟哌酸等喹诺酮类药物。动物试验发现，该类药对正在生长发育的胚胎肢芽及中枢神经系统有损害，临床上对于胎儿的毒性可能大于儿童及成人。

对孕妇安全而有效的抗痢药物有黄连素、乳酸菌素及痢特灵，可用于轻型病例。如病情严重，可选用氢节青霉素、头孢氨噻肟、益保世灵。